Клуб «Анжи» (в переводе – «Жемчужина») был основан в 1991 году – и в первом же сезоне выиграл первенство Дагестана (16 побед и 0 поражений в 20 матчах), получив право выступать на профессиональном уровне. В 1992 году за команду выступал Александр Маркаров, лучший бомбардир второй лиги СССР всех времён и основатель клуба «Анжи». Поддерживаемая компанией «Дагнефть», команда уже в 1993 году выиграла свою зону Второй лиги, однако из-за реформ системы соревнований осталась в том же дивизионе. Впрочем, вскоре повышение в классе было достигнуто – второе место в 1996 году, когда дагестанцы заодно прихватили и четвертьфинал Кубка России, пройдя сочинскую «Жемчужину» и действующего чемпиона «Аланию».
В первом дивизионе команду тренировал Эдуард Малофеев. В течение двух сезонов «Анжи» занимал места в середине турнирной таблицы. Затем, с приходом нового руководства клуба в 1999 году, была провозглашена новая цель – выход в высшую лигу. Главным тренером команды был назначен Гаджи Гаджиев, значительно обновивший состав команды. И в том же сезоне «Анжи» вышел в высшую лигу, заняв первое место. Та команда отличалась потрясающей защитой – 20 мячей в 42 матчах.
С 1992 по 1998 годы лучшим бомбардиром сезона за «Анжи» неизменно становился Ибрагим Гасанбеков. Всего за клуб он забил 153 мяча. В 1999 году он также был основным игроком команды, её капитаном бомбардиром, но, увы, погиб в ДТП 3 июля. До сих пор болельщики «Анжи» вспоминают «Дагестанского Марадону», и 11 номер закреплён за ним навечно...
Но игра продолжалась. Следующий сезон стал продолжением успехов «Анжи». Лишь в последнем туре, на последней минуте решающего матча благодаря спорному пенальти в ворота дагестанцев уступил бронзовые медали «Торпедо». После этого долго говорили, что кавказская команда не должна была войти «в призы» и решение об этом принималось на самом высоком уровне. В Кубке России команда вновь дошла до 1/4 финала, обыграв по дороге то же «Торпедо».
По ходу следующего сезона-2001 команду покинул Гаджиев, а в чемпионате команда заняла лишь тринадцатое место. Зато «Анжи» вновь проявил себя кубковой командой, дойдя до финала (обыграны ЦСКА, всё то же «Торпедо» и «Крылья Советов»). В финальном матче лишь в серии пенальти дагестанцы уступили «Локомотиву». А дебют в Кубке УЕФА против «Рейнджерс» получился необычным – УЕФА приняло решение, что Махачкала – небезопасное место для проведения матчей. В результате состоялся один матч в Варшаве, в котором шотландский клуб выиграл – 1:0.
В следующем сезоне «Анжи» тренировали трое тренеров – Леонид Ткаченко, Мирон Маркевич и, когда ситуация стала совсем уж угрожающей, Гаджи Гаджиев. Но никто не смог спасти команду от 15 места и вылета. Наверняка повлияла на команду и трагедия, случившаяся при участии нападающего «Анжи» Будуна Будунова в прошлом году – тогда после его столкновения с вратарём ЦСКА Сергеем Перхуном оба получили серьёзную травму головы, и для Перхуна эта травма стала смертельной...
Следующие семь лет клуб провёл в первой лиге. «Анжи» здесь занимал места ближе к середине таблицы, не поднимаясь выше шестой позиции (первый сезон – тогда же команда дошла до полуфинала Кубка, обыграв «Локомотив» и «Крылья Советов», но проиграв «Ростову»). Однако после прихода в команду тренера Омари Тетрадзе дела пошли на лад. В 2009 году команда заняла первое место, забив больше всех в лиге и заняв третье место по пропущенным мячам. Лучшим бомбардиром стал списанный из киевского «Динамо» Отар Марцваладзе.
Сейчас «Анжи» – середняк чемпионата России. Но новое руководство клуба во главе с Сулейманом Керимовым этим довольствоваться не собирается – и вот зимой 2011 года клуб подписал одного из лучших полузащитников чемпионата России Жусилея. А до того было принято решение пригласить в «Анжи» некогда великого игрока сборной Бразилии и «Реала» Роберто Карлоса. Игровой смысл таких приобретений может казаться сомнительным, но теперь «Анжи» хорошо известен в мире и готов к дальнейшим, более «футбольным» приобретениям. Кроме того, планируется построить новый стадион для клуба. Правда, на официальном сайте на странице «Информация о клубе» до сих пор написано, что «начиная с 2003 года клуб всякий раз ставит задачу возвращения. Этой целью команда живет и поныне»…