Предшественник нынешней бременской команды, «Бремен-1898», свой первый матч провел 10 сентября 1899 года. В следующем году в Лейпциге на открытии Немецкой Футбольной Ассоциации была представлена новая команда – «ФВ Бремен». Затем клуб выиграл несколько турниров и чемпионатов местного значения, однако в главный национальный чемпионат не пробился. Интересно, что именно «Бремен» стал первой в Германии командой, которая стала продавать билеты на свои домашние матчи.
Вплоть до окончания Первой мировой войны команда сменила несколько названий, покуда 19 января 1920 года не обрела свое нынешнее – «Sportverein Werder Bremen», т.е. «спортивное общество Вердер Бремен». Тем не менее, это спортивное общество приоритетным видом спорта выбрало футбол, и уже в 1922 г. в «Вердер» стал первой немецкой командой, пригласившей профессионального тренера. Ежегодно «Вердер» играл в квалификационных раундах чемпионата Германии, однако успеха не добивался.
В 1933 г. немецкий футбол был реорганизован. Была образована Гаулига – шестнадцать региональных дивизионов. «Вердер» начал добиваться первых серьезных успехов в своей истории – бременцы выиграли свою региональную лигу в 1934, 1936 и 1937 гг.
Во время Второй мировой войны порядка в немецком футболе не было. Бременский клуб, как и многие другие немецкие организации, был расформирован. Восстановить свой статус клубу удалось в 1946 г. Команда вновь стала участвовать в региональных соревнованиях, выигрывала их, однако на общенациональном уровне никаких успехов по-прежнему не достигала. Вообще, в Германии тех времен не было профессиональных футболистов. Люди, игравшие в футбол, параллельно имели и гражданские профессии. Так, большинство футболистов «Вердера» работало на местной табачной фабрике, и сама футбольная команда, по сути, была сборной этой самой фабрики.
В промежутке между окончанием войны и формированием Бундеслиги в 1963 г. бременский клуб прогрессировал и наряду с «Гамбургом» был одной из двух сильнейших команд северной Германии. В 1961 г. «Вердер» выиграл первый серьезный трофей в своей истории – Кубок Германии. Результатов, показанных «Вердером», было достаточно, чтобы стать членом Бундеслиги. Мало того, уже во втором сезоне Бундеслиги «Вердер» впервые стал чемпионом страны. В сезоне 1967/68 «музыканты» были близки к золотым медалям, но взяли серебро. В целом же, клуб играл средне и, как правило, финишировал в середине таблицы. В 70-ых бременцы не показывали никаких результатов и редко поднимались в верхнюю часть турнирной таблицы, несмотря на то, что руководство клуба за большие деньги постоянно приобретало талантливых футболистов. Из-за этого к бременскому клубу пристало прозвище «миллионеры». В сезоне 1980/81 «Вердер» даже вылетел из Бундеслиги, однако это произошло в первый и в последний раз в истории клуба.
Вернуться в элиту немецкого футбола бременцам удалось под руководством тренера Отто Реххагеля. Новый наставник «Вердера» привел команду к целой череде успехов: серебряные медали Бундеслиги в 1983, 1985 и 1986 гг., золото Бундеслиги – в 1988 г., два выхода в финал кубка Германии в 1989 и 1990 гг., победа в кубке Германии – в 1991 г., победа в Кубке Обладателей Кубков – в 1992 г. В 1993 г. бременцы выиграли третий титул чемпионов Германии, через год еще раз выиграли Кубок Германии. Белая полоса в истории «Вердера» закончилась с уходом Реххагеля в мюнхенскую «Баварию». Руководство клуба за несколько лет сменило четырех тренеров (Аад де Мос, Дикси Дернер, Вольфганг Сидка и Феликс Магат), но никаких результатов это не приносило. В мае 1999 г. «Вердер» возглавил бывший игрок этого клуба Томас Шааф, которому удалось остановить медленное падение клуба. Уже через спустя несколько недель после назначения Шааф выиграл с «Вердером» кубок Германии.
Ситуация в клубе наладилась. «Вердер» стабильно занимал места в верхней части Бундеслиги, а в 2004 г. за один сезон выиграл и чемпионат, и кубок Германии, став одной из четырех немецких команд, которым удавалось сделать «золотой дубль». В сезоне 2004/05 «Вердер» дошел до 1/8 финала Лиги чемпионов, однако с треском проиграл французскому «Лиону» с общим счетом 10:2. В Бундеслиге того же сезона были завоеваны бронзовые медали. В следующем году «Вердеру» вновь удалось дойти только до 1/8 финала Лиги чемпионов, где ее одолел туринский «Ювентус». В Бундеслиге – второе место.
В сезоне 2006/07 «Вердер» завоевал титул «зимних чемпионов» страны, однако провалил весеннюю часть сезона и в итоге занял только третье место. В этом же сезоне бременцы из Лиги чемпионов попали в Кубок УЕФА, где дошли до полуфинала и уступили «Эспаньолу». В следующем сезоне команду покинул ее лидер Мирослав Клозе. В сезоне 2007/08 «Вердер» вновь не снискал славы на европейской арене, однако занял второе место в чемпионате Германии и в пятый раз подряд пробился в Лигу чемпионов.
Сезон 2008/09 оставил у болельщиков бременского «Вердера» смешанные ощущения. С одной стороны, клуб полностью провалил Бундеслигу – команда заняла десятое место, что является худшим результатом за последние десять лет. С другой стороны, «музыканты» дошли до финала Кубка УЕФА, где сражались с донецким «Шахтером», но проиграли 1:2 в экстра-тайме, а в последнем матче сезона «Вердер» обыграл леверкузенский «Байер» и выиграл кубок Германии. В следующем сезоне команда Томаса Шаафа реабилитировалась и взяла бронзовые медали чемпионата Германии, что позволило ей вновь попасть в основную сетку Лиги чемпионов следующего сезона. Сезон 2010/11 для Томаса Шаафа будет уже одиннадцатым на посту главного тренера бременского «Вердера».